Alexandru Lăpușneanu a avut două domnii în Moldova: septembrie 1552 - noiembrie 1561; martie 1563 - martie 1568.
Este fiul nelegitim al lui Bogdan al III-lea cu Anastasia din Lăpușna, poreclit ”Lăpuşneanu" în secolul al XVII-lea, după numele târgului Lăpușna, locul copilăriei sale.
Alexandru Lăpușneanu, fiind liderul grupării boierilor moldoveni aflați în Polonia, la 5 septembrie 1552, la Bakota, a depus jurământul de credință față de regele Poloniei, obligându-se să-i dea, în timp de război, 700 de călăreți. Repetă omagiul la 22 iunie 1553, la Hârlău. A fost ajutat să obțină tronul de regele Poloniei intrând în Moldova cu 3000 de călăreți și alungându-l pe Ioan Joldea.
La 12 septembrie 1562, în biserica Curții domnești de la Hârlău are loc ceremonia încoronării și ungerii ca domn. Deși avea din botez numele Petru, tradițional în Moldova, noul domn și-a luat cu prilejul ridicării sale la domnie, numele de Alexandru, și a intrat în istorie ca Alexandru Lăpușneanu.
Cum în perioada aceea pentru ocuparea tronului era nevoie și de acceptul Porții, la 24 octombrie 1552, sultanul Suleyman Magnificul i-a primit pe reprezentanții lui Alexandru Lăpușneanu, trimițănd însemnele domniei: steagul, calul și veșmintele obișnuite. În politica internă, Alexandru Lăpușneanu a căutat să stimuleze economia Moldovei și a luat unele măsuri importante pentru a-i asigura progresul.
La începutul primei sale domnii, pentru a câștiga bunăvoință tuturor boierilor, el i-a chemat în țară pe acei boieri care luaseră drumul pribegiei. Dar boierii aspirau să-și consolideze puterea și faptul acesta a provocat un conflict cu Alexandru Lăpușneanu. Boierii voiau să-l înlocuiască pe Alexandru Lăpușneanu cu fiul mai mic al lui Petru Rareș. Complotul lor a fost descoperit. Atunci mulți boieri și-au pierdut proprietățile. Din contul pământurilor confiscate de la boieri s-a extins și domeniul domnesc. Din 1555 domnul, timp de trei ani, nu s-a mai consultat cu sfatul domnesc.
Alexandru Lăpușneanu a protejat "frăția din Lvov" – organizație ortodoxă a ucrainenilor, constrânsă de catolici, ajutând-o cu bani și contribuind la construcția la Lvov a unei biserici ortodoxe, numită biserica volohă.
Alexandru Lăpușneanu a rămas domn până la 18 noiembrie 1561, când a pierdut bătălia de la Verbia, lângă Dorohoi, în fața pretendentului la tron, Iacob Heraclid Despot, ca urmare a trădării unor boieri. Atunci s-a retras la Chilia de unde a ajuns apoi cu familia la Istanbul. A fost exilat – la început în cetatea Iconia (Konia) din Anatolia, apoi la Alep în Siria.
În martie 1563 revine în domnie cu sprijinul otomanilor și al lui Ioan Zapolya, principele Transilvaniei. Ștefan Tomșa, domnul de atunci al Moldovei, a trimis la el un grup de boieri pentru a-i spune că țara nu-l vrea. Alexandru Lăpușneanu a lansat celebrul răspuns: „De nu mă vor, eu îi voiu pre ei și de nu mă iubescu, eu îi iubescu pre dânșii și tot voi merge, ori cu voie ori fără voie".
A doua domnie a lui Lăpușneanu este povestită în nuvela omonimă a lui Costache Negruzzi.
”Iubirea" sa s-a manifestat prin uciderea a 47 de boieri, pe care-i considera periculoși pentru el, cu prilejul unei adunări obișnuite. A strămutat capitala Moldovei de la Suceava la Iași. A fost ctitorul mănăstirii Slatina și Pângărați, sfințirea acesteia s-a făcut cu mare fast de către un sobor de 116 preoți, în frunte cu mitropolitul Grigore Roșca. A sprijinit biserica ortodoxă dăruind numeroase odoare de preț, argintării, clopote, broderii, cărți nu numai în țară, ci și în afară: la Lvov, în Serbia, la Athos.
Bolnav, cedează tronul fiului său, Bogdan, la 9 martie 1568, dată la care se produce călugărirea sa sub numele de Pahomie. Grigore Ureche adaugă unele amănunte, a căror veridicitate este pusă la îndoială. Călugărirea s-ar fi făcut, după el, într-un moment când domnul leșinase și era "mai mult mort decât viu". Trezindu-se ar fi zis "că de se va scula va popi și el pe unii". Speriați de această amenințare "episcopii și boierii... şi mai cu dinadinsul Roxanda, doamna-sa", l-ar fi otrăvit. Adevărul asupra faptelor consumate în palatul domnesc în martie 1568 nu-l vom ști, poate, niciodată. Alexandru Lăpușneanu moare peste 2 zile, fiind înmormântat la 14 martie 1568 la mănăstirea Slatina, ctitoria sa.