Prima atestare documentară a mănăstirii, Schitului Butuceni - datează cu 1612.
În acel document se expune o rugăminte a călugărilor față de domnitorul Ștefan Vodă, de a li se transmite pământuri lângă satul Golaeşti (Trebujeni).
Mănăstirea a fost prevăzută pentru un număr redus de călugări, circa 10-12 persoane.
La început Schitul Butuceni avea intrarea dinspre Răut, unde se înălțau trepte săpate în piatră. De-a lungul zidului exterior, ce dă spre râu, se întind chiliile. În partea anterioară chiliilor, spre răsărit, se găsește biserica rupestră a mănăstirii. Încăperile ei sunt spațioase şi pline de lumină, care pătrunde prin ferestrele mari dreptunghiulare, şi este reflectată de albul pereților și a bolții podului. Luminozitatea imprimă încăperii un aspect festiv.
Pristolul care e cioplit grosolan dintr-un monolit, dar şi crucile sculptate pe pereți, sunt o demnă împodobire a interiorului. Anume acest laconizm al formelor arhitectonice creează o impresie de curățenie a gândurilor și a intențiilor oamenilor care au trăit aici, îndreptându-și toate forțele creatoare spre cele veșnice. În urma unor alunecări de teren la începutul secolului al XVIII-lea, toate accesele în mănăstire au fost surpate şi călugării au fost nevoiți să părăsească lăcașul.
În anul 1820 locuitorii satului Butuceni, aflat în vecinătate, au săpat în stâncă un tunel de acces cu o lungime de circa douăzeci metri. Intrarea cea nouă a fost împodobită cu un portal. În anul 1890 a fost ridicată o clopotniță, mică dar frumoasă, în stilul clasicismului târziu.
În anii de ocupație sovietică schitul a fost devastat și închis. Clopotnița a ajuns într-o stare gravă, clopotele ei n-au mai sunat, fiind distruse. Chiar şi biserica satului Butuceni (Orheiul Vechi), ce se află la circa 400 m de acest schit, a fost închisă şi pângărită. Un timp ea a slujit depozit pentru chimicale, iar apoi transformată în muzeu. Deja spre 1989 acest "muzeu" se putea vizita.
În zilele noastre lucrurile au revenit la normal şi credincioșii au la ce se închina. Rana însă rămâne să sângereze. Multiplele obiecte de cult de o valoare culturală şi istorică inestimabilă, ca de altfel pretutindeni în Basarabia, au "dispărut" în colecțiile private ale "eliberatorilor" sau distruse cu cruzime.
În loc de încheiere
... Dumnezeu e mare şi le vede pe toate.